抗肿瘤抗生素可以通过微生物评价的方法筛选，这些方法基本上都基于原噬菌体诱导方法以评价抗生素与DNA键合或干扰DNA合成的能力。通过观察在敏感细菌培养平板上裂解噬菌斑的形成，或基于受到原噬菌体启动子控制的细菌酶的诱导进行生化方法测量，都可以评价其抗肿瘤活性。另一类抗肿瘤抗生素属于辅酶或氨基酸的拮抗物，因此需要设计能检测抗代谢物活性的方法。最常用的抗肿瘤抗生素筛选方法是基于对肿瘤细胞的细胞毒性直接进行评价，通过直接观察抗生素对肿瘤细胞的生长抑制和死亡率的影响以确定其抗肿瘤效果。染色法、放射化学法等有助于大量样品的快速筛选。

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