氢离子浓度可表示为环境或培养基中的pH值。环境中pH值对微生物生长的影响很大。主要效应是引起细胞膜电荷变化，以及影响营养物离子化程度，从而影响微生物对营养物的吸收；pH值也会影响生物活性物质如酶的活性。同一种微生物在不同的生长阶段和不同生理生化过程中，对环境 pH值也有不同的要求。由于pH值变化往往对发酵生产不利，需及时调整pH值，调节措施可分为“治标”和“治本”两大类：

（1）“治标”是根据表面现象而进行直接、快速但不能持久的调节。

过酸时，加入NaOH、Na₂CO₃

过碱时，加入H₂SO₄，HCl

（2）“治本”是根据内在机制所采用的间接、缓效但能持久发挥作用的调节。

过酸时：加适量N源:尿素，NaNO₃,硫酸铵，蛋白质；提高通气量。

过碱时：加适量碳源:糖，乳酸，油脂；降低通气量。

环境pH值超过最低生长pH值或最高生长pH值就会使微生物致死，因此，强酸或强碱都具有杀菌作用。无机酸如硫酸、盐酸等杀菌力虽很强，但腐蚀性太强，没有作为杀菌剂的实用价值，某些有机酸如苯甲酸等可以作为防腐剂，在面包等食品中添加丙酸可以防霉。酸菜、饲料青贮则是利用乳酸菌发酵产生的乳酸抑制腐败微生物的生长，使之得以长久保存。强碱可以用作杀菌剂，但是它的毒性太大，其用途局限于排泄物及环境的消毒。

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