原生质体融合是通过人工方法，使遗传性状不同的两个细胞的原生质体发生融合，并产生重组子的过程，亦可称为“细胞融合”。原生质体融合技术是继转化、转导和接合等微生物基因重组方式之后，又一个极其重要的基因重组技术，广泛应用于原核微生物、真核微生物以及动植物和人体细胞的基因重组，大大提高了细胞间基因重组的频率，可在不同种、属、科甚至更远的微生物间进行，扩大了发生基因重组亲本的选择范围。为利用基因重组技术培育更多、更优良的生产菌种提供了可能。
微生物原生质体融合的主要步骤为：
（1）选择亲株
选择遗传性状稳定且具有优势互补的两个亲株，可通过诱变剂对原种进行处理获得可识别的遗传标记。
（2）制备原生质体
去除细胞壁是制备原生质体的关键。一般都采用酶解法去壁。
（3）原生质体融合：
聚乙二醇能有效促进原生质体融合，一般使用浓度范围在25%~40%。紫外线照射或脉冲电场等物理因素处理也能促进原生质体融合。
（4）原生质体再生：
预先去除再生平板培养基表面的冷凝水，稀释涂布原生质体悬液。需注意，残存菌体、菌龄、再生时的温度、溶菌酶用量和溶壁时间等因素会影响原生质体再生。
（5）筛选优良性状的融合子
原生质体融合后，来自两亲代的遗传物质经过交换并发生重组而形成的子代即融合重组子，可通过两亲株遗传标记的互补识别筛选重组子。然后对融合重组子进行生理生化测定及生产性能的测定，选出符合育种要求的优良菌株。
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