一、常见革兰氏阳性杆菌
需氧或兼性厌氧芽孢杆菌：常见有枯草芽孢杆菌、蜡样芽胞杆菌、嗜热脂肪芽孢杆菌等，菌落通常较大，呈不规则状，菌落表面有通常不光滑或有褶皱，自然界中广泛存在。
厌氧梭状芽孢杆菌：常见致病性的梭菌有产气荚膜梭菌、肉毒梭菌、破伤风梭菌、艰难梭菌等，专性厌氧，多数梭菌的触酶试验为阴性。
需氧或兼性厌氧无芽孢杆菌：李斯特氏菌、短杆菌、棒状杆菌、乳杆菌等，触酶试验通常为阳性，李斯特氏菌常存在于食品当中，棒状杆菌常存在于人体表面、口鼻腔等。
厌氧无芽孢杆菌：双歧杆菌等
二、常见革兰氏阳性球菌
链球菌属：成对或呈链状出现，无动力，大部分菌株有α或β溶血，触酶试验阴性，常存在于人和动物的口腔和上呼吸道，常见肺炎链球菌、化脓链球菌等
葡萄球菌属：单个，成对，或葡萄状不规则堆积，无动力，抗逆性较强，耐盐，触酶试验大多数为阳性，常见金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌，广泛存在于食品，水，土壤和人体表面等
微球菌属：成对、四联或成簇出现，无动力，严格好氧，通常可产黄色或红色色素，触酶试验阳性，通常耐盐，常见藤黄微球菌、玫瑰色微球菌等，部分菌株耐辐照，广泛存在于人和动物皮肤表面，土壤，空气和食品中。
肠球菌属：原归属于链球菌，部分菌株有动力，耐盐，耐胆汁，触酶试验阴性，常见菌株为粪肠球菌、屎肠球菌等，常存在于动物肠道和粪便中
注：专性厌氧的革兰氏阳性球菌通常很少见，一般见于临床分离或特殊环境中。
三、常见革兰氏阴性杆菌
大肠菌群：包括大肠埃希氏菌、阴沟肠杆菌、产气肠杆菌、肺炎克雷伯氏菌、弗氏柠檬酸杆菌等，通常可发酵乳糖产酸产气，兼性厌氧，常存在于温血动物的肠道和受到粪便污染的环境水源中，一般为非致病菌或条件致病菌，氧化酶阴性
肠道致病菌：常见沙门氏菌、志贺氏菌、耶尔森氏菌等，通常不能发酵乳糖或迟缓发酵乳糖，常存在于温血动物肠道、鸡蛋、或受粪便污染的环境和食品中，氧化酶阴性
弧菌：常见霍乱弧菌、副溶血性弧菌、创伤弧菌等，具有嗜盐性，一般存在于海水或水产品中，氧化酶阳性。
假单胞菌：多数都有动力，直杆或微弯，多数专性需氧，氧化酶试验阳性，广泛存在于土壤、水、植物及动物活动环境中，常见铜绿假单胞菌、荧光假单胞菌等
注：革兰氏阴性杆菌种类较多，一些嗜血杆菌、弯曲杆菌、军团菌、螺杆菌培养条件苛刻，多分离于临床，普通的TSB中不生长；革兰氏阴性球菌比较少见，常见的菌株有临床中分离的脑膜炎奈瑟氏菌、淋病奈瑟氏菌等。
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