在培养基中添加某种或某些化学试剂后，某种微生物生长过程中产生的特殊代谢产物会与加入的这些化学物反应，并出现明显的、肉眼可见的特征性变化，从而使该种微生物与其他微生物区别开来，这种培养基称为鉴别培养基。
常见的鉴别培养基：
1、用于检测饮水、乳品中是否含肠道致病菌的伊红-美兰乳糖培养基，即 EMB培养基。
其成分是:蛋白胨10g，乳糖10g，K2HPO42g，2%伊红20ml，0.325%美兰20ml，蒸留水1000ml，pH7.2。其中的伊红和美兰两种苯胺染料可以抑制革兰阳性菌和一些难培养的革兰阴性菌。试样中的多种肠道菌会在EMB培养基上产生相互易区分的特征菌落，因而易于辨认。尤其是大肠杆菌，因其强烈分解乳糖而产生大量混合酸，使菌体带H+，很容易染上酸性染料伊红，伊红又与美兰结合，其复合物为黑色，所以，大肠杆菌的菌落呈紫黑色并带金属光泽，其菌落较小。产气杆菌产酸弱，菌落呈棕色；变形杆菌不能发酵乳糖，菌落无色、透明。
2、明胶培养基可用于鉴别产蛋白酶的微生物。
3、醋酸铅培养基可用于鉴别微生物能否产生HS。
选择性培养基与鉴别培养基的功能往往结合在同一种培养基中。例如上述 EMB 培养基既有鉴别不同肠道菌的作用，又有抑制革兰阳性菌和选择性培养革兰阴性菌的作用。
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