微生物的新陈代谢错综复杂，微生物的代谢调节呈现多系统、多层次的特点，酶的调节是微生物代谢的重要调节方式之一。微生物细胞内的遗传物质上存储着能催化所有生化反应所需的酶以及调节酶活性的信息。微生物可以按照适应环境的需要调节酶的表达（即酶蛋白的合成）及调节酶的活性（及酶的激活或抑制）。酶的调节方式可以分为酶合成的调节和酶活性的调节。具体如下：
一、酶合成的调节
通过调节酶合成的量来控制微生物代谢速度的调解机制。
1、酶的诱导：环境物质促使微生物细胞中合成酶蛋白的现象。
① 同时诱导 加入一种诱导剂后，微生物能同时或几乎同时合成几种酶，它主要存在于较短的代谢途径中，合成这些酶的基因由同一个操纵子（一组功能上相关的基因）所控制。
② 顺序诱导 第一种酶的底物会诱导第一种酶的合成，第一种酶的产物又可以诱导第二种酶的合成，依此类推合成一系列的酶。
2、酶合成的阻遏：在某代谢途径中，当末端产物过量时，微生物的调节体系就会阻止代谢途径中关键酶在内的一系列酶的合成，从而彻底地控制代谢，减少末端产物合成。
① 末端代谢产物阻遏 代谢途径末端产物的过量积累而引起酶合成的（反馈）阻遏。
② 分解代谢物阻遏 当细胞内同时存在两种可利用底物（碳源和氮源）时，利用快的底物会阻遏与利用慢的底物有关的酶合成。这种阻遏并不是由于快速利用底物直接作用的结果，而是由这种底物分解过程中产生的中间代谢物引起。
二、酶活性的调节
通过改变酶分子的活性来调节代谢速度。相比于酶合成调节，此方式更直接、见效快。发生在蛋白质上的调节。
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