微生物的个体特别微小、群体外貌不显、种间杂居混生、形态与其作用的后果之间很难被人认识，这些都是导致人类在其历史发展中长期对微生物缺乏认识的障碍性因素，而整个微生物学发展史就是逐步攻克这些障碍，不断探究微生物的生命活动规律，从而更好地开发利用有益微生物以及控制与消灭有害微生物的历史。
如果对微生物学发展史进行简要的分期，我们可以将它分为5个时期：史前期、初创期、奠基期、发展期、成熟期。接下来我们简单介绍史前期和初创期。
（一） 史前期
时间：约8000年前——1676年
实质：朦胧阶段
开创者：各国的劳动人民，其中以我国的制曲和酿酒技术最为著名
这一时期人类还未能发现微生物的个体，广大劳动人民都是凭借生产生活中的实践经验自发地利用有益微生物。
（二） 初创期
时间：1676年——1861年
实质：形态描述阶段
开创者：列文虎克，微生物学的先驱者
这一时期开始出现单式显微镜，借助显微镜成功观察到了细菌等微生物的个体；列文虎克出于个人兴趣对一些微生物进行了形态的描述，首次揭示了一个崭新的微生物世界。
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