无菌室在消毒处理后，无菌试验前及操作过程中需检查空气中菌落数，以此来判断无菌室是否达到规定的洁净度，常用沉降菌法。一般无菌室的空间洁净度要求达到10000级，万级洁净度对空间菌落的要求是：静态检测，自然沉降菌CFU/皿；操作区域如超净工作台、生物安全柜里需要达到洁净度100级，百级洁净度对空间菌落的要求是：静态检测，自然沉降菌CFU/皿。
一、沉降菌检测方法
以无菌方式将3个营养琼脂平板带入无菌操作室，在操作区台面左、中、右各放1个；打开平板盖，在空气中暴露30min后将平板盖好，置36℃士1℃培养48h，取出计数。
二、无菌室的灭菌方式
1、紫外线照射
紫外线灭菌是利用适当波长的紫外线破坏微生物机体细胞中的DNA或RNA结构，造成生长性细胞死亡来达到灭菌效果，属于一种物理方式的灭菌。该方法可以杀灭各种微生物，包括细菌、病毒、真菌、立克次体及支原体等，是实验室中最常用的灭菌方式。根据2002年国家卫生部发布的《消毒技术规范》，紫外灯的要求是紫外强度不得低于70uW/c㎡（紫外灯1m处），空间内的紫外灯布局要求每㎡不少于1.5W。并做到定期（至少每年1次）更换新的紫外灯管，以确保紫外灯管灭菌持续有效。
2、臭氧灭菌
臭氧是一种强氧化剂，通过氧化分解细菌内部葡萄糖所需的酶，使细菌灭活死亡。使用臭氧灭菌，杀菌彻底，无残留，杀菌广谱，可杀灭细菌繁殖体和芽孢、病毒、真菌等，并可破坏肉毒杆菌病毒。另外，臭氧对霉菌有极强的杀灭作用。用臭氧消毒空气，必须是在封闭空间，且室内无人条件下进行，消毒后至少30min才能进入。一般灭菌时间选择30min即可，要求空间中臭氧浓度不低于20mg/m3。
3、化学熏蒸
采用易挥发气化的化学物质的蒸汽，对空间微生物进行杀灭的目的，常用甲醛、过氧化氢、过氧乙酸等。这种方法明显的缺点是易残留，对人体伤害大。每次熏蒸后，至少需要通风24h才可以使用。所以只有在其他灭菌方法无法达到理想的灭菌效果时，才会考虑这种方法。
无菌室作为微生物检测的空间，每一个质检员都要了解它的状态，才能保证实验结果的准确度。
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