一、称量错误
天平称量不准确、计算称量错误导致配制培养基的浓度不正确，都有可能导致出现部分沉淀。
二、培养基PH值不正确
偏酸或偏碱的pH都有可能使培养基中的部分金属离子产生沉淀。
三、水质不佳
多数培养基的制备需要使用纯化水、去离子水配制，而天然水中含有含有较多的矿物盐离子，若错误的使用了自来水，矿泉水配制，或使用的纯化水离子未除净，都有可能导致培养基灭菌后出现浑浊现象或沉淀（磷酸盐含量高的培养基更易出现此类问题）。
四、灭菌方式不正确或灭菌过度
含有不耐热成分的培养基，若灭菌过度或加热过度，都有可能导致灭菌后的培养基颜色不正确或出现沉淀。如亚硒酸氢钠胱氨酸增菌液（SC），正常制备好的培养基应为淡黄色透明液体，澄清无沉淀，若加热过度则培养基中亚硒酸氢钠分解，最终制备的培养基会出现红色沉淀。
五、容器不干净
新开封的容器或容器清洗不干净，内壁留有杂质，都会导致灭菌后的培养基中有杂质出现。
六、溶解不充分
培养基灭菌前应充分搅拌热至完全溶解，方可进行灭菌。若灭菌前未将培养基溶解完全就进行灭菌处理，灭菌后易出现絮状或团块状沉淀，如Fraser培养基含有大量磷酸盐，若灭菌前未进行充分溶解，灭菌过程中磷酸盐易结成块灭菌后不溶解。
七、培养基本身就有沉淀
培养基配方中无机盐成分较多或培养基本身含有不溶性成分，灭菌后会有沉淀存在，此为正常现象，不影响使用。例如MC、TTB、BS等，配方中含有不溶物，灭菌后有沉淀。
八、添加剂加入时温度不正确
卵黄、血液等对温度敏感的添加成分，若加入时温度过高或温差过大，易出现凝块或絮状沉淀。
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